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【회사매각】 회사매각 세금, 대표 지분 양도세와 법인 정리는 어떤 순서로 보나요?

회사매각은 개인이 주식을 파는지 법인이 자산을 파는지 확인한 뒤, 매각 전 인출과 매각 후 개인에게 남는 돈을 비교합니다. 거주자 개인이 특수관계 없는 제3자에게 비상장주식을 직접 팔면 양도소득세를, 내국법인의 자산 매각은 법인세를 검토하며 회사가 받은 돈을 개인에게 지급하면 지급 사유에 따른 과세도 확인합니다(소득세법 제94조 제1항 제3호 나목, 법인세법 제14조 제1항, 소득세법 제17조 제1항 제1호·제22조 제3항). 가지급금은 특수관계 소멸일까지의 회수와 정당한 사유를, 퇴직금은 현실적인 퇴직과 법인·개인의 별도 한도를 확인한 뒤 지급과 계약 조건을 정합니다(법인세법 시행령 제11조 제9호 가목·제44조 제1항·제4항·제5항). (2026-10-21 현행 법령 기준)

기준일 2026-10-21 · 최종 검토 2026-10-21 · 김대현 대표세무사

요점 정리

  • ▪거주자 개인이 특수관계 없는 제3자에게 비상장주식을 직접 파는 경우와 내국법인의 자산 매각은 대금 수령자와 과세 주체가 다릅니다.
  • ▪업무무관 가지급금은 정당한 사유 없이 특수관계 소멸일까지 회수하지 않으면 익금에 산입합니다. 소멸 당시 임원·직원이면 상여, 임원·직원이 아닌 주주면 배당으로 구분합니다.
  • ▪임원 퇴직금은 현실적인 퇴직과 법인·개인의 별도 한도를 확인합니다.
  • ▪법인이 자산을 팔아 받은 돈을 개인에게 지급하면 배당·퇴직금 등 지급 사유에 따른 과세도 확인합니다.

예외·주의사항

본 글은 일반 정보 제공 목적이며, 개별 사례는 주주별 거주자 여부, 주식의 소득 구분과 취득가액, 법인 재무상태, 퇴직금 규정과 실제 퇴임 여부, 계약 조건에 따라 결론이 달라집니다.

근거·출처

  • ▪개인의 주식 매각: 거주자 개인이 특수관계 없는 제3자에게 비상장주식을 직접 팔면 개인의 양도소득세 대상입니다. (소득세법 제94조, 제1항 제3호 나목)
  • ▪법인의 자산 매각: 내국법인이 대금을 받고 사업연도 전체 익금·손금을 계산합니다. (법인세법 제14조 제1항, 제15조 제1항, 제19조 제1항)
  • ▪사업양도의 부가가치세: 사업장별 모든 권리·의무의 포괄승계 등 법정 요건 충족 시 재화 공급 제외. 양수자가 대가 지급 때 부가세를 징수·납부하면 공급 제외 미적용. (부가가치세법 제10조, 제9항 제2호, 부가가치세법 시행령 제23조)
  • ▪가지급금과 소득처분: 정당한 사유 없이 특수관계 소멸일까지 미회수한 업무무관 가지급금은 익금산입. 소멸 당시 임원·직원은 상여, 임원·직원이 아닌 주주는 배당. (법인세법 시행령 제11조, 제9호 가목, 제106조 제1항 제1호, 가목·나목, 법인세법 시행규칙 제6조의2)
  • ▪임원 퇴직금과 배당: 퇴직금은 현실적인 퇴직·법인·개인 한도 별도. 법인 한도 초과분은 손금불산입. 사외유출되어 임원에게 귀속되면 상여. 개인 한도 초과분은 근로소득. 배당은 개인 배당소득, 법인 손금 불인정. (법인세법 시행령 제44조, 제1항·제4항·제5항, 제106조 제1항 제1호 나목, 소득세법 제22조 제3항, 제17조 제1항 제1호, 법인세법 제19조 제1항, 제20조 제1호)

    자주 묻는 질문

    회사가 자산을 팔아 받은 돈을 개인이 바로 가져갈 수 있나요?
    법인이 자산을 팔아 받은 돈은 법인이 수령한 매각대금입니다. 개인에게 배당이나 퇴직금으로 지급하면 지급 사유에 따른 과세와 요건을 확인해야 합니다(소득세법 제17조 제1항 제1호·제22조 제3항, 법인세법 시행령 제44조 제1항).
    비상장주식 양도세는 모두 20%인가요?
    비상장주식 양도세율은 모두 20%가 아닙니다. 대주주 여부, 중소기업 여부와 보유기간을 확인하고, 기타자산에 해당하는 주식인지도 구분해야 합니다(소득세법 제104조 제1항 제11호, 소득세법 제94조 제1항 제4호·제2항).
    주식을 팔고 나면 갚지 않은 가지급금은 어떻게 되나요?
    정당한 사유 없이 특수관계가 소멸되는 날까지 회수하지 않은 업무무관 가지급금은 법인 익금에 산입합니다. 소멸 당시 임원·직원이면 상여, 임원·직원이 아닌 주주면 배당으로 구분하므로, 매각 뒤 실제 관계와 정당한 사유를 확인해야 합니다(법인세법 시행령 제11조 제9호 가목·제106조 제1항 제1호 가목·나목, 법인세법 시행규칙 제6조의2).

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    이 페이지는 2026-10-21에 네이버 블로그에 발행한 글의 요약판입니다. 사례와 계산 예시를 포함한 전체 내용은 원문에 있습니다.

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