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【연구소】 중소기업이 기업부설연구소를 세우면 연구·인력개발비의 25%를 공제받나요? (법인 비용·자산 시리즈 3편)
중소기업이 인정받은 기업부설연구소나 연구개발전담부서에서 적격 비용을 지출하면 일반 연구·인력개발비의 당기분 25% 또는 직전 사업연도보다 늘어난 금액의 50%를 법인세에서 공제합니다. 다만 소급 4년간 비용이 없거나 직전 사업연도 비용이 4년 연평균보다 적으면 당기분 방식만 적용합니다(조세특례제한법 제10조 제1항제3호). 인정 전 지출액, 연구 외 업무를 한 직원의 인건비, 총발행주식의 10%를 초과해 소유하는 주주임원 등의 인건비는 제외되므로, 기업부설연구소 인정만으로 공제액이 확정되지는 않습니다(같은 법 시행령 별표 6 제1호가목, 같은 법 시행규칙 제7조 제1항·제3항). (2026-10-11 현행 법령 기준)
기준일 2026-10-12 · 최종 검토 2026-10-12 · 김대현 대표세무사
요점 정리
- ▪인정과 지출 범위 — 인정받은 연구소·전담부서에서 연구업무를 수행하며 지출한 적격 비용만 공제대상입니다.
- ▪중소기업 공제율 — 일반 연구·인력개발비는 당기분 25% 또는 증가분 50%이며, 소급 4년간 비용이 없거나 직전년 비용이 4년 연평균보다 적으면 당기분만 적용합니다.
- ▪제외대상 — 인정 전 지출액, 연구 외 업무를 수행한 직원의 인건비, 일정한 주주임원의 인건비는 공제액에 넣지 않습니다.
예외·주의사항
본 글은 일반 정보 제공 목적이며, 개별 사례는 연구소 인정일·소재지, 연구전담요원의 실제 업무, 주주임원 여부, 지출 재원과 증빙에 따라 결론이 달라집니다.
근거·출처
- ▪연구소 인정: 연구전담요원과 연구시설 기준을 갖춰 인정받아야 합니다. (기업부설연구소등의, 연구개발 지원에 관한 법률, 제7조·시행령 제6조)
- ▪중소기업 공제율: 당기분 25% 또는 증가분 50%, 소급 4년 비용이 없으면 당기분만 적용합니다. (조세특례제한법, 제10조 제1항제3호)
- ▪인건비 제외: 연구 외 업무·행정사무와 일정한 주주임원 인건비는 제외합니다. (조세특례제한법 시행령, 별표 6 제1호가목, 시행규칙 제7조 제1항·제3항)
- ▪이월공제: 당기에 못 받은 공제액은 10년 이내 사업연도에 이월합니다. (조세특례제한법, 제144조 제1항)
자주 묻는 질문
- 연구소를 인정받기 전에 지출한 인건비도 공제받나요?
- 인정 전 지출액은 인정받은 연구소의 비용으로 소급해 공제할 수 있는 대상이 아닙니다. 수원지방법원도 해당 과세연도 후에 인정받은 부소재지 연구소의 기존 인건비·재료비 공제를 부인하는 1심 판결을 했습니다(조세특례제한법 시행규칙 제7조 제1항, 수원지방법원 2025구합61313, 2026-05-28).
- 중소기업은 항상 25%를 공제받나요?
- 아닙니다. 당기분 방식은 적격 일반 연구·인력개발비의 25%, 증가분 방식은 직전 사업연도보다 늘어난 금액의 50%입니다. 소급 4년간 비용이 없거나 직전년 비용이 4년 연평균보다 적으면 당기분만 적용합니다(조세특례제한법 제10조 제1항제3호).
- 대표이사가 연구소장을 맡으면 급여를 공제받을 수 있나요?
- 대표이사라는 사실만으로 제외되지는 않습니다. 다만 시행규칙 제7조 제3항의 주주임원 제외요건에 해당하면 인건비가 공제대상에서 제외되고, 연구 외 업무를 겸하면 연구업무 인건비로 증명하기 어렵습니다(조세특례제한법 시행규칙 제7조 제3항, 조심-2025-서-1663, 2026-03-04).
- 공제받을 법인세가 부족하면 공제액이 없어지나요?
- 없어지지 않습니다. 당기에 공제받지 못한 제10조 세액공제액은 다음 사업연도 개시일부터 10년 이내에 끝나는 사업연도에 이월해 공제합니다(조세특례제한법 제144조 제1항).
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이 페이지는 2026-10-12에 네이버 블로그에 발행한 글의 요약판입니다. 사례와 계산 예시를 포함한 전체 내용은 원문에 있습니다.
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