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【흡수합병】 흡수합병 때 적격합병 요건을 못 갖추면 피합병법인에 어떤 세금이 생기나요? (법인 법인전환·구조조정 시리즈 4편)

법정 예외가 없는 비적격합병의 피합병법인은 법정 양도가액과 합병등기일 현재 순자산 장부가액의 차액을 합병연도 소득에 반영합니다(법인세법 제44조 제1항~제3항). 1년 이상 사업을 계속한 내국법인 간 합병이 주식대가 80% 이상·사업계속·근로자 80% 이상 승계를 갖추면 적격합병입니다(법인세법 제44조 제2항). 완전지배 관계 합병을 뺀 적격합병의 사후관리 위반은 합병법인에 과세하고, 주주의 의제배당 과세는 별도로 검토합니다(법인세법 제44조의3 제3항). (2026-10-26 현행 법령 기준)

기준일 2026-10-26 · 최종 검토 2026-10-26 · 김대현 대표세무사

요점 정리

  • ▪일반 적격합병은 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간 합병, 법정 주식대가 80% 이상과 배정·보유, 합병연도 말까지 사업계속, 합병등기일 1개월 전 법정 근로자 80% 이상 승계와 합병연도 말까지의 유지를 함께 확인합니다. 법정 예외는 별도로 적용합니다.
  • ▪적격합병 특례를 적용하지 못한 피합병법인은 법정 양도가액에서 합병등기일 현재의 순자산 장부가액을 뺀 양도손익을 합병연도 소득에 반영합니다. 현금대가만으로 계산하지 않습니다.
  • ▪적격합병(완전지배 관계 합병으로 적격합병으로 보는 경우는 제외) 뒤 사후관리 위반은 합병법인의 과세입니다. 다음 사업연도 개시일부터 사업·주식은 2년, 고용은 3년이며 법정 예외를 확인합니다. 주주의 의제배당, 완전지배 관계 합병과 합병 취득세는 별도 검토 대상입니다.

예외·주의사항

본 글은 일반 정보 제공 목적이며, 실제 합병대가와 주식 배정, 사업·근로자 승계, 법정 예외와 합병 시기에 따라 결론이 달라집니다. 사례의 세액은 명시한 가정 아래 계산한 국세 산출세액이며 실제 납부할 총세금이 아닙니다.

근거·출처

  • ▪피합병법인의 기본 과세: 법정 양도가액 − 합병등기일 현재 순자산 장부가액 양도손익을 합병연도 소득 반영 · 특례 적용 여부 별도 (법인세법 제44조 제1항, 법인세법 시행령, 제80조 제1항 제2호)
  • ▪일반 적격합병 요건: 합병등기일 현재 1년 이상 사업 계속한 내국법인 간 합병대가 총합계액 중 법정 주식 80% 이상·배정·보유 사업계속·고용승계·합병연도 말까지 유지 · 법정 예외 (법인세법 제44조 제2항, 법인세법 시행령, 제80조의2)
  • ▪근로자 비율 기준: 합병등기일 1개월 전 피합병법인의 법정 근로자 80% 이상 승계·합병연도 말까지 유지 · 법정 예외 (법인세법 제44조, 제2항 제4호·단서, 법인세법 시행령, 제80조의2)
  • ▪합병법인의 승계가액: 비적격: 시가 승계 / 적격: 장부가액 승계 결손금·감면·세액공제는 각각의 법정 범위 확인 (법인세법 제44조의2, 제1항, 법인세법 제44조의3, 제1·2항)
  • ▪사후관리 위반 · 완전지배 합병 제외: 다음 사업연도 개시일부터 사업·주식 2년 / 고용 3년 합병등기일 1개월 전 양 법인 내국인 근로자 합계 대비 연도 말 80% 미만 · 법정 예외 · 합병법인 과세 (법인세법 제44조의3, 제3항, 법인세법 시행령, 제80조의4)

    자주 묻는 질문

    현금을 20% 이하로 지급하면 적격합병인가요?
    현금 비율만으로 확정할 수 없습니다. 합병대가 총합계액 중 법정 주식대가 80% 이상과 배정·보유, 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간 합병, 합병연도 말까지 승계사업 계속과 법정 고용승계·유지 요건을 함께 확인해야 합니다. 합병포합주식 조정과 법정 예외도 따로 확인합니다(법인세법 제44조 제2항, 법인세법 시행령 제80조의2).
    근로자를 80% 미만 승계하면 항상 비적격합병인가요?
    일반 적격합병의 고용 요건은 합병등기일 1개월 전 피합병법인의 법정 근로자 80% 이상 승계와 합병연도 말까지의 유지입니다. 다만 부득이한 사유에 해당하면 법정 예외가 있고, 기준일의 내국인 근로자가 5명 미만인 경우도 규정되어 있습니다(법인세법 제44조 제2항 제4호·단서, 법인세법 시행령 제80조의2 제1항 제3호).
    사후관리의 고용 기준도 피합병법인 직원 80%인가요?
    완전지배 관계 합병으로 적격합병으로 보는 경우를 제외하고, 사후관리는 합병등기일 1개월 전 피합병법인과 합병법인의 내국인 근로자 수 합계를 기준으로, 각 사업연도 말 합병법인 근로자 수가 80% 미만으로 하락했는지 확인합니다. 기간은 합병연도 다음 사업연도 개시일부터 3년이며 법정 부득이한 사유는 따로 적용합니다(법인세법 제44조의3 제3항 제3호, 법인세법 시행령 제80조의4 제3항·제7항·제10항).

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    이 페이지는 2026-10-26에 네이버 블로그에 발행한 글의 요약판입니다. 사례와 계산 예시를 포함한 전체 내용은 원문에 있습니다.

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