【양도소득세】 공공기관 이전 비과세, 수도권 집은 5년 안에 팔면 되나요? (양도세 비과세 시리즈 56편)

요점 정리

• ▪공공기관 이전 전에 수도권 1주택을 가진 종사자 세대가 이전지·연접 시군 주택을 취득하는 법정 요건을 갖춘 경우, 3년 대상의 종전주택 처분기한은 신규주택 취득일부터 5년입니다. 종전주택의 보유·거주 등 다른 비과세 요건은 갖춰야 하며 고가주택은 일부 과세됩니다(소득세법 시행령 제155조 제16항·제154조 제1항, 소득세법 제89조 제1항 제3호).
• ▪공공기관 이전 특례는 신규주택 취득 전 1년 대기요건을 적용하지 않습니다. 이전 전 신규주택 취득과 파견 후 복귀는 각 회신의 사실관계를 맞춰 확인해야 합니다(소득세법 시행령 제155조 제16항; 서면-2023-법규재산-3968·서면-2024-법규재산-2095, 2024-09-06).
• ▪2026년 개정의 2년 기한 대상은 5년 적용을 전제로 양도를 늦추지 말고 별도 확인해야 합니다(소득세법 시행령 제155조 제1항·제16항).

자주 묻는 질문

5년은 기관 이전일부터 계산하나요?

공공기관 이전 특례의 3년 기한 적용 대상은 신규주택 취득일부터 5년을 계산합니다. 이전 전에 수도권 1주택을 가진 종사자 세대가 이전지·연접 시군 주택을 취득하는 법정 요건과 종전주택의 보유·거주 등 다른 비과세 요건을 갖춰야 하며, 고가주택은 일부 과세됩니다(소득세법 시행령 제155조 제16항·제154조 제1항, 소득세법 제89조 제1항 제3호).

기관이 옮긴 뒤 새로 산 수도권 집에도 적용하나요?

공공기관 이전 후 취득한 수도권 종전주택에는 공공기관 이전 특례를 적용하지 않습니다. 기관 이전 후 계약·취득한 사안과 종전주택 취득 시점에 관한 회신을 확인해야 합니다(서면-2020-법규재산-4994, 2023-09-08; 사전-2024-법규재산-0509, 2024-10-02).

1년 대기요건이 없으면 보유·거주기간도 안 채워도 되나요?

공공기관 이전 특례의 1년 대기요건 배제는 종전주택 취득일부터 신규주택 취득일까지의 간격에 관한 규정입니다. 종전주택 자체의 보유·거주 등 다른 비과세 요건은 별도로 갖춰야 합니다(소득세법 시행령 제155조 제16항·제154조 제1항).

2026년 개정의 2년 대상도 5년까지 기다려도 되나요?

2년 기한 대상과 공공기관 이전 특례의 관계는 별도 확인이 필요합니다. 제16항은 ‘3년’을 ‘5년’으로 본다고 정하므로, 2년 대상까지 5년이라고 단정해 처분기한을 넘기지 않아야 합니다(소득세법 시행령 제155조 제1항·제16항).