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【법인전환】 중소기업통합, 두 개인사업장을 합쳐 현물출자할 때 자산 승계와 주식 시가는 어떻게 판단하나요? (법인 법인전환·구조조정 시리즈 3편)

개인 중소기업 둘이 통합할 때는 사업장별 주된 자산을 모두 승계해 사업의 동일성을 유지해야 합니다. 소멸 사업자가 주주나 출자자가 되어 순자산가액 이상의 시가로 평가한 주식이나 지분을 취득하고 신청해야 사업용고정자산 이월과세를 적용받을 수 있습니다(조세특례제한법 제31조, 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항~제3항). 소비성서비스업은 법정 범위에서 제외하며, 설립 후 1년이 지나지 않은 법인이 출자자인 과점주주의 사업을 승계하는 경우도 제외합니다(조세특례제한법 시행령 제28조 제1항). 이월과세를 적용받은 개인은 자산 양도일부터 5년 이내 승계사업을 폐지하거나 통합으로 취득한 주식이나 지분의 50% 이상을 처분하면 법정 예외를 제외하고 법인이 이미 납부한 세액을 뺀 이월과세액을 납부해야 합니다(조세특례제한법 제31조 제7항). (2026-10-23 현행 법령 기준)

기준일 2026-10-23 · 최종 검토 2026-10-23 · 김대현 대표세무사

요점 정리

  • ▪개인 중소기업 둘의 통합은 사업 동일성, 주된 자산 승계, 주주·출자자, 순자산가액 이상의 주식 시가, 신청과 업종·과점주주 사업 승계 제외 요건을 갖춰야 이월과세를 적용받을 수 있습니다.
  • ▪이월과세를 적용받은 개인은 자산 양도일부터 5년 이내 승계사업 폐지나 통합취득 주식·지분 50% 이상 처분에 해당하면 법정 예외를 제외하고 법인 기납부세액을 뺀 이월과세액을 납부합니다. 납부기한은 사유월 말일부터 2개월 이내입니다.
  • ▪중소기업 통합 취득세 50% 경감은 2027-12-31까지의 해당 사업용 재산 취득에 적용하며, 임대·공급업 해당 중소기업의 양수재산은 제외하고 취득일부터 5년 사후관리를 따로 확인합니다.

예외·주의사항

본 글은 일반 정보 제공 목적이며, 실제 중소기업 해당 여부, 사업 승계, 자산·주식 평가, 출자자 관계와 양도·처분 시기에 따라 결론이 달라집니다.

근거·출처

  • ▪통합과 제외 요건: 사업장별 주된 자산 모두 승계·동일성·주주·출자자 소비성서비스업 법정 범위 제외·공동신청 설립 1년 미경과 법인의 과점주주 사업 승계 제외 (조세특례제한법 제31조, 조세특례제한법 시행령, 제28조 제1항~제3항)
  • ▪주식 시가와 순자산가액: 취득 주식 시가 ≥ 소멸 사업장 순자산가액 시가 자산에서 공제하는 부채(충당금 포함)는 소멸하는 사업장의 사업과 직접 관련된 부채로 한정 (조세특례제한법 시행령, 제28조 제1항 제2호, 대법원 2022두53204, 2025-07-18 · 파기환송, 대법원 2025두35727, 2026-06-24 · 상고기각)
  • ▪5년 사후관리: 개인: 자산 양도일부터 5년 이내 승계사업 폐지 또는 통합취득 주식·지분 50% 이상 처분·법정 예외 제외 법인 기납부세액 뺀 이월과세액·사유월말부터 2개월 이내 (조세특례제한법, 제31조 제7항, 조세특례제한법 시행령, 제28조 제9항~제11항)
  • ▪취득세 50% 경감은 별도: 2027-12-31까지 해당 사업용 재산 취득 임대·공급업 중소기업 양수재산 제외·취득일부터 5년 관리 (지방세특례제한법, 제57조의2, 제3항 제5호)

    자주 묻는 질문

    법인끼리 합쳐도 같은 양도소득세 이월과세를 적용하나요?
    법인끼리 통합하는 경우에는 개인의 사업용고정자산 양도를 대상으로 하는 양도소득세 이월과세를 적용하지 않습니다(조세특례제한법 제2조 제1항 제6호). 통합법인의 남은 감면기간 적용과 미공제세액 승계는 각각의 별도 요건을 확인해야 합니다(조세특례제한법 제31조 제4항~제6항).
    주식의 발행가액이 순자산가액과 같으면 충분한가요?
    통합으로 취득한 주식은 시가를 기준으로 소멸 사업장의 순자산가액과 비교해야 합니다. 합의한 발행가액만 같다고 요건을 충족하지는 않습니다(조세특례제한법 시행령 제28조 제1항 제2호, 대법원 2025-07-18 선고 2022두53204 판결, 파기환송·환송 후 결과 미확인).
    두 사람이 각각 50%를 보유하면 모두 적용받을 수 있나요?
    각각 50%라는 지분율만으로 이월과세 요건을 충족하지 않습니다. 출자자와 특수관계인의 합산 관계, 과점주주 사업 승계 제외, 사업 동일성·자산 승계·주식 시가·신청·업종 요건을 함께 확인해야 합니다(국세기본법 제39조 제2호, 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항~제3항).

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    이 페이지는 2026-10-23에 네이버 블로그에 발행한 글의 요약판입니다. 사례와 계산 예시를 포함한 전체 내용은 원문에 있습니다.

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